ceRNA芯片价格_微生物ceRNA表达谱芯片服务商-中科普瑞

Q: 1. ceRNA 芯片和全转录组测序有什么区别？该怎么选？

两种技术各有特点，选择取决于研究目的和样本情况：ceRNA 芯片：优势在于低丰度转录本检测重复性好、样本起始量低（200ng 总 RNA）、成本相对较低、数据分析周期短。适合样本量较大的筛选研究、微量样本（血液、外泌体等）研究，以及关注已知注释转录本的 ceRNA 调控机制研究。中科普瑞 Sino Human ceRNA array V3.0 自主设计探针，基于 Agilent 平台检测，稳定可靠。全转录组测序：优势在于可以发现新的转录本（新 lncRNA、新 circRNA）、信息更全面、定量范围更广。但对样本质量和起始量要求较高，成本较高，分析周期较长。适合需要发现新转录本或研究转录本结构的研究。

Q: 4. ceRNA 调控网络分析是怎么实现的？结果可靠吗？

ceRNA 调控网络分析是基于生物信息学预测结合表达谱数据构建的，主要步骤包括：1. miRNA 结合位点预测：使用 TargetScan、miRanda、RNAhybrid 等算法预测 lncRNA/circRNA 和 mRNA 上的 miRNA 结合位点。2. 共表达分析：基于芯片表达谱数据，计算 lncRNA/circRNA 与 mRNA 之间的表达相关性，筛选正相关的 ceRNA 对（ceRNA 假说中二者应为正相关）。3. ceRNA 网络构建：综合 miRNA 结合位点预测和共表达分析结果，构建 lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA 三元调控网络。需要注意的是，ceRNA 分析结果是生物信息学预测结果，为后续实验验证提供候选和方向。重要的 ceRNA 调控关系建议通过 luciferase reporter assay、RNA pull-down、AGO2 RIP 等实验进一步验证。

产品概述

中科普瑞自主 ceRNA 芯片 · 三类转录本一站式检测

Sino Human ceRNA array V3.0 是中科普瑞自主设计的高通量芯片产品，全面覆盖 circRNA、lncRNA 和 mRNA 三类转录产物。芯片探针基于 Agilent eArray 平台设计，采用 Agilent SurePrint 技术合成，检测稳定性好，能够对表达丰度相对较低的 circRNA 和 lncRNA 进行有效检测。通过生物信息学预测与数据分析，挖掘 lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA 关系对，为 ceRNA 调控机制研究提供参考。

ceRNA（competing endogenous RNA，竞争性内源 RNA）调控是转录组研究中的重要机制：miRNA 负调控靶基因 mRNA，而 lncRNA/circRNA 作为 miRNA 海绵结合 miRNA，阻断其抑制作用，三者共同构成复杂的调控网络。

应用领域

ceRNA调控机制

疾病标志物筛选

肿瘤发生发展

发育分化调控

药效研究

诊断与预后

技术原理与实验流程

ceRNA 调控机制与标准化实验流程

从总RNA提取到芯片杂交扫描再到生信分析，全流程标准化管控

M

ceRNA 调控机制

circRNA / lncRNA

作为 miRNA 海绵，通过结合 miRNA 解除其对靶基因的抑制作用，从而上调 mRNA 的表达水平。

miRNA

通过碱基互补配对结合靶 mRNA 的 3'UTR，介导 mRNA 降解或翻译抑制，负调控基因表达。

mRNA

编码蛋白质的转录本，其表达水平受 miRNA 负调控；当 ceRNA 竞争性结合 miRNA 时，mRNA 表达上调。

W

实验流程

1

总RNA提取

样本RNA提取
质控与定量

2

cDNA合成

反转录
cDNA合成

3

cRNA合成

体外转录
荧光标记

4

芯片杂交

探针杂交
洗片

5

芯片洗涤

洗去非特异结合
信号背景优化

6

芯片扫描

激光扫描
信号采集

7

数据分析

生信分析
ceRNA网络

技术优势

七大技术优势

自主探针设计 + 成熟 Agilent 检测平台，打造优质 ceRNA 芯片产品

全维度覆盖

circRNA + lncRNA + mRNA 一站式同步检测，无需分批次实验，节省样本与成本。

自主设计 + 成熟平台

中科普瑞自主设计探针，基于 Agilent eArray 设计平台与 SurePrint 合成技术，探针质量稳定可靠。

低丰度检测优

芯片技术对低丰度 circRNA/lncRNA 的检测准确性和重复性表现良好，尤其适合低表达转录本的研究。

样本起始量低

总 RNA >200ng 即可满足芯片实验，适合血液、外泌体等微量样本的 ceRNA 研究。

丰富数据库整合

整合 circBase、Noncode、Lncipedia、NCBI、Ensembl 等主流数据库，注释信息全面准确。

完整 ceRNA 分析

提供 lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA 调控网络预测与可视化，助力 ceRNA 调控机制深度挖掘。

分析体系成熟

标准分析 + 高级分析 + 定制分析三级分析体系，专业生信团队支持，满足不同研究深度需求。

芯片参数

芯片参数与参考数据库

Sino Human ceRNA array V3.0 详细参数与数据库来源

芯片基本参数

产品名称	Sino Human ceRNA 芯片 V3.0
产品编号	JZ020901
芯片规格	4×180K
探针长度	60 nt
circRNA 数目	53,635
lncRNA 数目	91,614
mRNA 数目	25,353
设计平台	Agilent eArray 设计 / SurePrint 合成
品牌归属	中科普瑞自主设计品牌（Agilent 为检测平台）

参考数据库来源

数据库	收录数目
circBase	53,635
NCBI	19,592
Ensembl	6,833
Noncode V5	62,670
Lncipedia 5.0	2,519

* 探针设计整合多个权威数据库，确保注释全面性与准确性；具体探针信息以最新版本探针注释文件为准。

生信分析内容

三级分析体系 · 全面深入

标准分析 + 高级分析 + 定制分析，满足不同研究深度需求

标准分析

✓

原始数据质控与归一化

✓

样本相关性分析

✓

PCA 分析与样本聚类

✓

差异表达分析（mRNA / lncRNA / circRNA）

✓

差异火山图 / 热图

✓

差异 mRNA 功能注释（GO / KEGG）

✓

lncRNA / circRNA 靶基因及功能注释

高级分析（可选）

★

lncRNA / circRNA 结合 miRNA 预测

★

ceRNA 调控网络构建

★

WGCNA 共表达网络分析

★

GSEA 富集分析

★

信号通路调控网络

★

转录因子分析

★

分子建模预测（标志物筛选）

★

时间序列分析 / 定制化分析

* 具体分析内容可根据研究需求灵活调整，详询技术顾问

样本要求

总 RNA 起始量低至 200ng，适合血液、外泌体等微量样本

样本类型	推荐起始量	保存与运输	注意事项
总 RNA	> 200 ng	-80℃ 保存，干冰运输	RNA 完整性好，无降解；OD260/280 = 1.8-2.1；RIN ≥ 7.0 为佳
组织	绿豆粒大小（约 50mg）	RNAlater 或 Trizol 保存，-80℃ 冻存	新鲜组织迅速置于 RNAlater 或液氮速冻，避免反复冻融
细胞	1×10⁶ 个	Trizol 裂解保存，-80℃ 冻存	细胞收集后立即加入 Trizol 裂解，吹打均匀后冻存
全血	2.5 ml（PAXgene 管） 3 ml（EDTA 管）	PAXgene 管常温；EDTA 管 -80℃ 冻存	优先推荐 PAXgene 管采集，确保 RNA 完整性；避免溶血
血清 / 血浆	1 ml	-80℃ 保存，干冰运输	避免溶血；血浆优先用 EDTA 抗凝；分离后尽快冻存

适合微量样本

芯片检测平台对低起始量样本友好，特别适合血液来源样本、外泌体样本、穿刺样本等微量样本的 ceRNA 表达谱研究。

* 样本量不足或特殊样本请咨询技术顾问，送样前建议先进行样本质量评估

服务方案

三档服务方案 · 灵活选择

根据研究深度需求，选择合适的服务方案

基础版

基础检测方案

适合初步筛选、探索性研究，获取基础表达谱数据。

✓芯片检测实验
✓原始数据质控与归一化
✓差异表达分析
✓GO / KEGG 功能富集
—ceRNA 调控网络

咨询基础方案

高级分析方案

包含完整 ceRNA 调控网络分析，适合机制研究与课题深度挖掘。

✓包含基础版全部内容
✓miRNA 靶基因预测
✓ceRNA 调控网络构建
✓WGCNA / GSEA 富集分析
✓信号通路调控网络

咨询高级方案

定制版

定制研究方案

根据研究目标量身定制分析内容，专业生信团队深度支持。

✓包含高级版全部内容
✓转录因子分析
✓分子建模 / 标志物筛选
✓时间序列分析
✓全程技术支持与方案讨论

定制专属方案

* 项目周期视项目而定，受样本数量、分析内容深度等因素影响；具体周期请咨询技术顾问

常见问题

FAQ

关于 ceRNA 芯片服务，您可能想了解的问题

1. ceRNA 芯片和全转录组测序有什么区别？该怎么选？

两种技术各有特点，选择取决于研究目的和样本情况：
ceRNA 芯片：优势在于低丰度转录本检测重复性好、样本起始量低（200ng 总 RNA）、成本相对较低、数据分析周期短。适合样本量较大的筛选研究、微量样本（血液、外泌体等）研究，以及关注已知注释转录本的 ceRNA 调控机制研究。中科普瑞 Sino Human ceRNA array V3.0 自主设计探针，基于 Agilent 平台检测，稳定可靠。
全转录组测序：优势在于可以发现新的转录本（新 lncRNA、新 circRNA）、信息更全面、定量范围更广。但对样本质量和起始量要求较高，成本较高，分析周期较长。适合需要发现新转录本或研究转录本结构的研究。

2. 这款芯片是 Agilent 品牌的吗？和 Agilent 是什么关系？

Sino Human ceRNA array V3.0 是中科普瑞（上海鲸舟基因）自主品牌的芯片产品，不是 Agilent 品牌的芯片。
Agilent 是我们的检测平台技术供应商：我们使用 Agilent eArray 平台进行探针设计，采用 Agilent SurePrint 技术进行芯片合成，在 Agilent 芯片检测平台上完成杂交与扫描实验。Agilent 提供的是成熟的芯片制造与检测平台，而探针设计、产品定义、数据分析服务均由中科普瑞自主完成。
简单来说：品牌是中科普瑞，检测平台用的是 Agilent 成熟技术。

3. ceRNA 芯片检测的 circRNA 是通过什么方式检测的？准确性如何？

ceRNA 芯片通过针对 circRNA 反向剪接位点（back-splice junction）设计特异性探针来检测 circRNA。每条 circRNA 探针跨越反向剪接连接位点，只能与环状 RNA 分子特异性杂交，而不会检测到对应的线性 mRNA。
芯片检测 circRNA 的优势：
• 探针专门设计在反向剪接位点，特异性高；
• 芯片技术重复性好，批次间稳定性高；
• 对低丰度 circRNA 检测灵敏度高，适合微量样本；
• 基于已知 circBase 等数据库注释，注释信息明确。

4. ceRNA 调控网络分析是怎么实现的？结果可靠吗？

ceRNA 调控网络分析是基于生物信息学预测结合表达谱数据构建的，主要步骤包括：
1. miRNA 结合位点预测：使用 TargetScan、miRanda、RNAhybrid 等算法预测 lncRNA/circRNA 和 mRNA 上的 miRNA 结合位点。
2. 共表达分析：基于芯片表达谱数据，计算 lncRNA/circRNA 与 mRNA 之间的表达相关性，筛选正相关的 ceRNA 对（ceRNA 假说中二者应为正相关）。
3. ceRNA 网络构建：综合 miRNA 结合位点预测和共表达分析结果，构建 lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA 三元调控网络。
需要注意的是，ceRNA 分析结果是生物信息学预测结果，为后续实验验证提供候选和方向。重要的 ceRNA 调控关系建议通过 luciferase reporter assay、RNA pull-down、AGO2 RIP 等实验进一步验证。

资源中心

Sino Human ceRNA 芯片 V3.0circRNA / lncRNA / mRNA 全维度检测