转录组研究

mRNA测序
基因表达与转录调控全景解析

普通mRNA测序与链特异mRNA测序双方案,基于oligo d(T)富集策略结合高通量测序,全面解析基因表达、可变剪接与差异调控

2大方案
普通 / 链特异
Q30
≥85% 数据质量
多类型
组织/细胞/FFPE/血浆
三级分析
标准/高级/定制
mRNA Transcriptome PE 150 / 5-8G
polyA 5'cap oligo d(T) enrichment · High-throughput sequencing
链特异性文库可选
JZ020201
双方案可选
产品概述

mRNA测序 · 从转录组到功能调控的深度解析

转录组测序是对特定发育阶段或生理条件下细胞内的完整mRNA进行测序的技术,通过oligo d(T)富集方法结合高通量测序研究mRNA的表达和调控。通过与参考基因组比对,可获得基因结构、基因表达差异和可变剪接等信息,揭示特定生物学过程中的分子机理,已广泛应用于基础研究、临床诊断、药物研发和分子育种等领域。

应用领域

药效研究
疾病诊断
肿瘤标志物筛选
生长发育调控
疾病发展机制
药物研发
早期筛查
技术原理与实验流程

标准化实验流程 · 全流程质量管控

从样本抽提到生信分析,十步标准流程确保数据质量与分析可靠性

1

总RNA抽提质检

样本总RNA抽提
浓度与完整性检测

2

mRNA捕获

oligo d(T)富集
纯化mRNA

3

片段化反转录

mRNA片段化
反转录合成cDNA

4

末端修复加A

末端修复
3'端加A尾

5

接头连接

测序接头连接
链特异可选

6

文库扩增

PCR扩增
文库富集

7

文库质检

浓度检测
片段大小分析

8

高通量测序

主流测序平台
PE 150测序

9

数据质控

原始数据过滤
质量评估

10

生信分析

表达定量
差异与富集分析

技术优势

五大核心优势 · 保障项目质量

丰富的样本处理经验与多样化建库能力,为您的研究提供可靠保障

丰富样本处理经验

易降解样本、微量样本均有专门的抽提解决方案,确保样本质量满足建库要求

多样化建库能力

兼容FFPE、血浆、外泌体等多种特殊样本类型,普通与链特异文库均可选

标准化分析流程

标准分析+高级分析+定制化分析三级体系,满足不同深度的研究需求

灵活方案选择

普通测序与链特异测序可选,数据量按需定制,匹配不同研究目的与预算

高效交付

实验周期短、质量可靠,专业技术团队全程跟进,确保项目顺利完成

链特异性文库

dUTP法链特异性文库保留转录本方向信息,反义转录本鉴定更准确

测序策略

推荐测序策略与技术参数

根据研究目的选择合适的测序方案,满足不同层次的分析需求

推荐测序策略

参数项 推荐规格 说明
测序模式 PE 150 双端150bp测序,兼顾读长与通量,适合常规转录组分析
推荐数据量 5-8 G / 样本(常规表达分析) 常规基因表达分析推荐5-8G;如需可变剪接或新转录本分析可适当增加数据量
数据质量 Q30 ≥ 85% 碱基识别准确率Q30达85%以上,保障后续分析的可靠性
文库类型 普通mRNA文库 / 链特异文库(dUTP法) 链特异文库可保留转录本的方向信息,提高反义转录本和基因结构分析的准确性
样本类型 组织、细胞、FFPE、血浆、外泌体等 多种样本类型均有成熟处理方案,具体请咨询技术顾问
项目周期 视项目而定 受样本数量、样本类型、分析内容等因素影响,具体周期请咨询技术顾问
生信分析内容

三级分析体系 · 全面覆盖研究需求

标准分析+高级分析+定制化分析,从基础到深入满足不同研究目标

标准分析

基础转录组分析必备内容

原始数据质控与过滤

碱基质量分布、GC含量分布、接头序列去除

参考基因组比对

reads比对率统计、基因区域分布统计

基因表达定量

FPKM / TPM / Counts 三种定量方式

样本相关性分析与PCA

样本间相关性热图、主成分分析

差异表达分析

DESeq2 / edgeR 算法,差异基因筛选与火山图

GO / KEGG 功能富集分析

差异基因的功能注释与通路富集分析

高级分析(可选)

深入挖掘转录组数据价值

可变剪接分析(rMATS)

五种可变剪接事件鉴定与差异分析

融合基因分析

融合基因检测与注释,肿瘤研究重要方向

新转录本预测

新转录本组装、编码能力预测与注释

GSEA富集分析

基因集富集分析,发现整体表达趋势变化

共表达网络构建

WGCNA加权基因共表达网络分析

时间序列分析

时间梯度样本的表达趋势聚类与动态分析

* 除标准分析和高级分析外,我们还提供定制化分析服务,根据您的研究需求制定专属分析方案

样本要求

样本要求与送样指南

多种样本类型均有成熟处理方案,专业技术团队全程指导样本准备

样本类型 推荐起始量 保存与运输 注意事项
组织样本 绿豆粒大小(约50-100mg) RNAlater或Trizol保存,-80℃储存,干冰运输 取样后立即投入RNAlater或Trizol中,避免反复冻融;FFPE样本需确认RNA完整性
细胞样本 1 × 106 个细胞 Trizol裂解保存,-80℃储存,干冰运输 收集细胞后立即加入Trizol裂解,充分混匀;避免细胞过度生长导致RNA降解
全血样本 2.5ml(PAXgene管)或3ml(EDTA管) PAXgene管常温/冷藏;EDTA管需尽快处理,干冰运输 使用PAXgene管可稳定保存RNA;EDTA抗凝管取样后需尽快分离白细胞或抽提RNA
血清/血浆 1 ml -80℃保存,干冰运输 避免溶血;血浆样本注意抗凝剂选择;建议分离后立即分装冻存
其他类型 尿液、外泌体等可沟通 视样本类型而定 特殊样本类型请提前咨询技术顾问,我们将提供针对性的样本处理方案
保存与运输要求: 液氮速冻或-80℃保存,干冰运输;避免样本反复冻融;样本量不足或特殊样本请咨询技术顾问,送样前建议先进行样本质量评估。
服务方案

三档服务方案 · 按需选择

基础版、高级版、定制化服务,灵活匹配不同研究需求与预算

基础版

标准mRNA测序

适合常规基因表达差异分析

普通mRNA文库构建
PE150测序,5-8G数据量
标准分析全套(表达定量+差异+富集)
基础可视化报告
咨询详情
推荐
高级版

链特异mRNA测序

适合深入转录调控研究

链特异文库(dUTP法)
PE150测序,8G数据量
标准分析 + 1项高级分析
完整可视化分析报告
专业技术答疑
获取方案
定制版

定制化方案

适合特殊样本或深度研究

特殊样本处理(FFPE/外泌体等)
数据量与平台按需定制
全系列高级分析可选
定制化分析与图表
专属项目负责人跟进
定制方案
常见问题

FAQ

关于mRNA测序服务,您可能想了解的问题

2. mRNA测序需要多少生物学重复?数据量多少合适?
生物学重复:一般建议每组至少3个生物学重复,条件允许的情况下建议5个或更多。生物学重复越多,统计检验功效越高,鉴定差异基因的可靠性越强。对于临床样本等个体差异较大的样本类型,建议适当增加重复数。
测序数据量:常规基因表达分析推荐每个样本5-8G clean data(约30-50M reads)。该数据量可满足大多数真核生物基因表达定量的需求。如果需要进行可变剪接分析、新转录本预测或融合基因分析,建议增加到10G或更多。对于基因密度较低或转录本复杂度较高的物种,也应适当增加数据量。
3. FFPE样本可以做mRNA测序吗?对RNA质量有什么要求?
FFPE(福尔马林固定石蜡包埋)样本可以做mRNA测序,但需要注意以下几点:
  • RNA完整性:FFPE样本的RNA通常存在不同程度的降解,因此需要进行RNA质量评估。一般建议DV200(长度大于200nt的RNA片段比例)> 30%。如果RNA降解过于严重,可能无法获得理想的测序结果。
  • 样本量:FFPE样本RNA得率通常较低,建议提供尽可能多的组织面积(如5-10张切片),以确保获得足够的RNA用于建库。
  • 数据量调整:FFPE样本由于RNA降解,有效数据比例可能较低,建议根据样本质量适当增加测序数据量。

我们有丰富的FFPE样本处理经验,送样前建议先进行RNA质量检测,根据质检结果确定合适的建库方案和测序策略。
4. 差异表达分析用什么方法?如何设定筛选阈值?
我们常用的差异表达分析方法有两种:
DESeq2:基于负二项分布模型的差异分析方法,是目前转录组差异分析的主流方法之一,对重复数要求较低(每组至少2个重复即可运行,建议3个及以上),适合大多数转录组研究。
edgeR:同样基于负二项分布的R包,在小样本情况下表现稳健,也是常用的差异分析工具。

筛选阈值:默认阈值为 FDR < 0.05 且 |log2(FoldChange)| ≥ 1(即差异倍数2倍以上)。这是领域内比较常用的标准。但阈值的选择应根据具体研究情况调整:如果研究对象差异较大或样本异质性较高,可以适当放宽阈值;如果需要更严格的候选基因列表,可以提高阈值(如FDR < 0.01)。我们也可以根据您的研究需求调整筛选参数并重新分析。
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