RIP-seq（RNA Immunoprecipitation Sequencing）是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术。通过特异性抗体对RNA结合蛋白（RBP）进行免疫共沉淀，富集与蛋白结合的RNA分子，经高通量测序获得序列信息，通过后续数据分析可获得与蛋白质相互作用的RNA信息。RIP技术是研究转录后调控网络动态过程的有力工具。
已知有感兴趣的蛋白，探究与其结合的RNA分子，包括mRNA以及非编码RNA（lncRNA、circRNA、miRNA等）。
准确获取蛋白结合RNA的序列特征、结构特征及基因组分布特征，揭示RBP的结合偏好和调控模式。
获取蛋白结合序列的偏好性，通过Motif分析鉴定RBP识别的核心序列元件，阐明其分子识别机制。
从样本制备到数据分析，全流程标准化质控
细胞/组织样本
收集与处理
细胞裂解
蛋白-RNA复合物保存
抗体孵育
免疫共沉淀
RIP产物
RNA质量检测
RNA建库
片段选择
高通量测序平台
Peak calling
Motif / 富集分析
覆盖度广、灵敏度高、分辨率高、定量范围广
可在全转录组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定，涵盖mRNA及各类非编码RNA。
可获得数百万条的序列，有利于对稀有的蛋白结合位点的发现和研究，检测低丰度RNA互作。
可精确定位RNA与蛋白质结合位点，结合峰分析和Motif分析实现碱基水平的结合特征解析。
高于6个数量级的动态检测范围，可同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本，准确定量不同丰度的RNA。
从原始数据质控到功能富集分析，提供完整的RIP-SEQ数据分析流程
测序数据质量评估，包括碱基质量分布、GC含量、Q30统计等
Clean reads比对到参考基因组，比对率统计与reads分布分析
蛋白结合峰鉴定，峰的数量、长度、丰度分布统计与可视化
Peak关联基因注释，基因组区域分布（UTR、CDS、intron、intergenic等）
结合序列基序鉴定，分析RBP识别的核心序列元件与结合偏好
不同样本/处理组间差异结合峰鉴定，差异结合基因分析
GO功能富集与KEGG通路富集分析，解析结合RNA的生物学功能
根据研究需求定制高级分析内容，专业生信团队提供个性化方案
* 具体分析内容可根据研究需求灵活调整，详询技术顾问
细胞或组织样本，专业技术人员全程指导样本准备
| 样本类型 | 推荐起始量 | 保存与运输 | 注意事项 |
|---|---|---|---|
| 细胞样本 | ＞ 1 × 10^8 细胞 | -80℃ 保存，干冰运输 | 收集细胞后用预冷PBS洗涤，离心去上清，细胞沉淀迅速液氮速冻后-80℃保存；避免RNA降解，操作全程低温 |
| 组织样本 | ＞ 100 mg 组织 | -80℃ 保存，干冰运输 | 新鲜组织离体后迅速液氮速冻或置于RNA保存液中；避免反复冻融，确保RNA完整性 |
* 具体送样量请根据研究目的与技术顾问确认；样本量不足时请提前沟通
从项目启动到报告交付，全流程透明可追溯
需求确认
方案设计
样本质检
合格确认
RIP实验
建库测序
数据分析
图表绘制
分析报告
原始数据
项目周期：视项目而定
关于 RIP-SEQ 服务，您可能想了解的问题
更多分子互作研究学习资源与指南
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