表观组研究 特色技术

EPIC 935K
甲基化芯片检测服务

>935,000 CpG位点 · 单碱基分辨率 · EWAS研究理想工具 · 低至250ng起始

935K+
CpG位点覆盖
250ng
最低起始量
周期灵活
服务周期
5+类型
组织/血液/FFPE
EPIC v2.0 BeadChip 935,000 CpG
Probe Array DNA Methylation Fluorescence Detection
Illumina 芯片技术平台
v2.0
金标准平台
产品概述

EPIC v2.0 935K 甲基化芯片

靶向人类甲基化组最具生物学意义的区域,覆盖超过 935,000 个 CpG 位点,单碱基分辨率,是全基因组关联分析(EWAS)与复杂疾病研究的理想工具。

超高覆盖度

>935,000 CpG 位点,全面覆盖 CpG 岛、启动子、编码区、增强子及开放染色质区域。

后向兼容

与前代 EPIC 850K 高度兼容,保留约 90% v1.0 位点,支持历史数据纵向对比与跨批次联合分析。

单碱基分辨率

精确到单个 CpG 位点的甲基化水平定量,不受测序深度波动影响,数据稳定性与重复性优异。

EWAS 研究利器

适用于大样本队列的复杂疾病基因组关联分析,TCGA、GEO 等公共数据库大量参考数据可资对照。

覆盖区域一览

功能区域全面覆盖

经典调控区域

  • CpG 岛及 shores/shelves
  • 基因启动子区域
  • 编码区(外显子)
  • miRNA 启动子

增强子区域

  • FANTOM5 增强子
  • 靶向增强子区域
  • 超级增强子
  • CTCF 结合位点

开放染色质

  • DNase 超敏位点
  • ATAC-Seq 鉴定区域
  • ChIP-Seq 鉴定区域
  • ENCODE 开放染色质

其他重要区域

  • CpG 岛外 CpG 位点
  • 已知 DMR 位点
  • CNV 检测区域
  • 干细胞 CHH 甲基化位点
技术优势

为什么选择 EPIC 935K

高重复、高兼容、高灵敏,为您的甲基化研究提供坚实数据基础

R² > 0.99

技术重复相关性

R² > 0.99

与850K探针相关性

R² > 0.96

与WGBS(100×)相关性

< 1%

假阳性率

技术重复性高

技术重复相关性 R² > 0.99,与 850K 探针间相关性 R² > 0.99,与甲基化测序(100×)相关性 R² > 0.96,批间差小,适合多批次纵向对比研究。

样本兼容性强

支持 FFPE 石蜡样本、新鲜/冷冻组织、全血、口腔细胞、cfDNA、唾液等多种样本类型,低至 250ng 起始量。

高分辨率检测

单核苷酸分辨率,Infinium I 及 II 型探针设计,可检测低至 0.2 的 beta 值差异,假阳性率 < 1%,数据准确可靠。

高质量数据

Infinium I 及 II 型探针设计,探针检出率 > 99%,数据稳定可靠,不受测序深度影响,适合大规模队列研究。

大量参考数据

TCGA、GEO 等公共数据库中拥有海量 EPIC 芯片参考数据,便于数据对照、整合分析与跨研究比较。

快速高灵敏

高通量芯片平台,实验周期短、数据产出快,单位点成本远低于 WGBS,适合大样本量研究与临床验证。

版本升级

EPIC v2.0 vs v1.0 升级对比

v2.0 在保留核心位点的基础上,大幅扩充增强子与疾病相关区域覆盖

v2.0 保留的内容

CpG 岛 及其上下游 shores/shelves
干细胞 CHH 甲基化位点
开放染色质和增强子
FANTOM5 增强子
DNase 超敏位点
miRNA 启动子
超过 85% 的 450K 芯片内容
约 90% 的 v1.0 (850K) 位点

v2.0 新增的内容

升级版
肿瘤差异甲基化位点 (肿瘤研究热点区域)
增强子和超级增强子 (130K+ 新增位点)
差异可及染色质区域
扩大 CpG 岛覆盖
更高外显子覆盖率 (更准确 CNV 检测)
ENCODE 开放染色质区域
疾病相关位点

升级建议

新项目优先选择 EPIC 935K v2.0,信息密度更高、覆盖更全面;如有历史 850K 数据需纵向对比,v2.0 保留了约 90% 的 v1.0 位点,可满足大多数跨批次联合分析需求。

获取 v2.0 方案
服务流程

六步标准化服务流程

从样本接收到报告交付,全流程透明可追溯

1

样本寄送

干冰/冷链运输
样本信息核对

2

样本质控

浓度/纯度检测
完整性评估

3

芯片实验

亚硫酸氢盐转化
芯片杂交扫描

4

数据质控

探针成功率
样本重复性

5

生信分析

标准/高级分析
定制化分析

6

报告交付

分析报告
原始数据交付

服务方案

灵活的服务方案选择

从基础检测到深度分析,从小样本验证到大规模队列,总有一款适合您

基础版

EPIC 基础检测方案

适合常规甲基化研究

EPIC v2.0
935K CpG 位点
  • EPIC v2.0 935K 芯片检测
  • 样本质控与数据质控
  • 差异甲基化位点(DMP)分析
  • 差异甲基化区域(DMR)分析
  • CpG岛/启动子/基因体功能注释
  • 原始 idat 数据交付
咨询报价
推荐
高级版

EPIC 高级分析方案

适合深入机制研究与论文发表

EPIC v2.0 +
高级分析 + 可视化
  • 基础版全部内容
  • GO/KEGG/Reactome 通路富集分析
  • 基因集合富集分析(GSEA)
  • 甲基化-转录组关联分析
  • 高级可视化图表定制
  • 差异甲基化位点染色体定位图谱
  • 基因组-转录组-甲基化通路整合
获取详细方案
队列版

MSA 大规模队列方案

适合专病队列与大健康筛查

MSA 270K
48样本/芯片 · 高性价比
  • MSA 甲基化筛查芯片(270K位点)
  • 重点覆盖疾病、衰老、细胞类型位点
  • EWAS 全基因组关联分析
  • 细胞型特异性甲基化分析
  • CoRSIVs / 5hmC / 中间甲基化
  • 高通量 48样本/芯片,成本更低
了解 MSA 芯片

MSA 甲基化筛查芯片 — 大规模队列研究利器

补充方案

MSA 芯片覆盖 270,000 个精选 CpG 位点,重点覆盖常见性状、疾病、衰老、细胞类型等生物学相关区域。支持 48 样本/芯片的更高通量与更低单价,特别适合专病队列研究、大健康筛查应用及人群水平的 EWAS 分析。芯片内容涵盖细胞型特异性甲基化、中间甲基化区域、CoRSIVs、5hmC 等前沿研究方向。

270K
精选位点
48 样本/芯片
高通量
6+ 大方向
功能覆盖
性价比

不确定选哪个方案?

试试「甲基化技术选型器」,快速匹配最适合您研究需求的技术方案

甲基化技术选型器
样本要求

样本送样指南

多种样本类型兼容,专业技术人员全程指导样本准备

样本类型 推荐起始量 最低起始量 运输条件 注意事项
组织样本 ≥ 20 mg 组织 / ≥ 1 μg DNA ≥ 5 mg / ≥ 500 ng DNA -80℃ 冻存,干冰运输 取新鲜组织迅速液氮速冻,避免反复冻融;肿瘤样本注意瘤体占比
细胞样本 ≥ 1×10⁶ 细胞 / ≥ 1 μg DNA ≥ 5×10⁵ 细胞 / ≥ 500 ng DNA 细胞沉淀 -80℃ 冻存,干冰运输 离心收集细胞后PBS洗涤,去除上清后立即冻存
全血样本 ≥ 500 μL 全血 / ≥ 1 μg DNA ≥ 200 μL / ≥ 500 ng DNA EDTA 抗凝,-20℃ 或 -80℃ 冻存 使用 EDTA 抗凝管,禁止使用肝素抗凝;避免溶血
FFPE 样本 ≥ 5 片 / ≥ 1 μg DNA ≥ 2 片 / ≥ 250 ng DNA 常温运输,避免高温潮湿 建议使用1年内制备的切片,肿瘤细胞含量≥20%
cfDNA 样本 ≥ 200 ng cfDNA ≥ 100 ng cfDNA(需评估) 使用 cfDNA 专用采血管,4℃ 运输 建议使用 cfDNA 采血管,采血后及时分离血浆

纯度要求

OD260/280 = 1.7 ~ 1.9,RNA 去除干净,无蛋白质及其他杂质污染。

浓度要求

标准方案 ≥ 50ng/µL;低起始量方案可根据样本质量适当调整。

总量要求

标准方案 ≥ 2µg / 样本;低起始量方案最低可至 250ng(需预先评估)。

生信分析交付

专业生信分析方案

从基础质控到高级多组学整合,全面覆盖甲基化数据分析需求

标准分析

基础研究必备,覆盖全流程标准分析项

分析内容 说明
数据质控与预处理 beta值密度曲线、样本聚类、PCA 分析、相关性热图,原始数据质量过滤
甲基化水平定量 计算每个 CpG 位点的 beta 值 / M 值,生成甲基化矩阵
差异甲基化位点 (DMP) 组间比较筛选显著差异甲基化位点,火山图 / 曼哈顿图可视化
差异甲基化区域 (DMR) 鉴定连续差异的基因组区域,DMR 基因注释
功能区域注释 CpG 岛 / 启动子 / 基因体 / 增强子等区域分布注释
染色体定位分析 差异甲基化位点在各染色体上的分布图谱
GO / KEGG 富集分析 解析差异甲基化基因的功能与通路富集

高级分析

深入挖掘数据价值,助力高水平论文发表

分析内容 说明
甲基化与表达谱关联 整合甲基化与转录组数据,解析表观调控机制
多组学通路整合 基因组-转录组-甲基化通路层面的联合分析
GSEA 富集分析 基因集水平评估甲基化变化趋势
WGCNA 共甲基化网络 识别共甲基化模块与临床性状关联
生存分析与预后模型 构建甲基化标志物预后风险评分模型
肿瘤去卷积分析 肿瘤纯度评估与免疫浸润推断

可选分析

按需选择的专项分析模块

分析内容 说明
EWAS 分析 全基因组甲基化关联分析,校正协变量
甲基化年龄分析 基于表观遗传时钟评估生物学年龄
细胞组分校正 血细胞 / 组织细胞类型比例估算与校正
CNV 分析 基于甲基化芯片的拷贝数变异检测
mQTL 分析 甲基化数量性状位点分析(需基因型数据)
机器学习模型 分类/回归模型构建,标志物筛选与验证
定制化分析 根据研究目标定制专属分析方案

* 具体分析内容可根据研究需求灵活调整,详询技术顾问

质量控制

多重质控保障体系

四大质控环节 + 国际认证体系,确保数据可靠性

样本质控

浓度、纯度、完整性三重检测,不合格样本及时沟通

实验质控

内对照 + 技术重复,转化率与杂交效率双监控

数据质控

探针检出率 > 99%,样本重复性 > 0.99

全流程溯源

LIMS 系统管理,样本-实验-数据全程可追溯

CAP
CAP 认证
美国病理学家协会
+
ISO
9001
ISO 9001 认证
质量管理体系
+
Illumina
芯片技术
Illumina 芯片技术
芯片技术服务商
应用领域

六大研究应用方向

从基础研究到临床转化,EPIC 935K 芯片全面支持各类甲基化研究

复杂疾病甲基化图谱

糖尿病、高血压、自身免疫疾病等复杂疾病的全基因组甲基化关联分析(EWAS),构建疾病特异性甲基化图谱。

癌症表观遗传学

肿瘤早筛标志物发现、复发风险预测、预后评估、肿瘤分型与分子亚型鉴定,支持多癌种甲基化研究。

发育生物学研究

解析 DNA 甲基化在胚胎发育、组织分化、细胞重编程过程中的动态变化与调控机制。

遗传性疾病生物标志物

印记基因疾病、染色体异常综合征等遗传性疾病的甲基化生物标志物发现与临床验证。

环境与表观互作

PM2.5、吸烟、孕期暴露、营养干预等环境因素对甲基化组的影响研究,揭示环境-基因互作机制。

衰老研究

基于甲基化时钟的生物学年龄评估、衰老相关疾病标志物筛选、抗衰老干预效果评价。

合作案例

合作案例 · 文献解读

与科研工作者共同推进高水平研究,精选甲基化领域代表性合作文献深度解读

人群队列
IF 25.5
东亚人群mQTL图谱 · Nature Genetics, 2024

东亚人群血液甲基化数量性状位点解析祖先特异性遗传调控

基于 850K 甲基化芯片对东亚人群血液样本进行 mQTL 分析,系统揭示祖先特异性甲基化调控位点及其对复杂疾病性状的遗传贡献,为跨种族表观基因组研究提供核心参考数据集。

技术路线:EPIC 850K 甲基化芯片 + mQTL 分析 + 祖先特异性比较
原文:Wu et al. Nat Genet. 2024 May;56(5):846-860.
合作单位:中科院营养与健康所、北京基因组所
中科普瑞提供平台服务 查看原文 →
肿瘤研究
IF 23.3
脑肿瘤类器官 · Cell Stem Cell, 2025

患者来源类器官忠实保留脑肿瘤生态系统并预测治疗响应

建立脑转移瘤与胶质母细胞瘤患者来源类器官模型,通过 935K 甲基化芯片 + WES 多组学联合分析验证其忠实保留原发肿瘤的分子特征与免疫微环境,可用于个体化药敏预测。

技术路线:EPIC 935K 甲基化芯片 + 全外显子测序 + 类器官药敏
原文:Fu et al. Cell Stem Cell. 2025 Feb 5:S1934-5909(25)00002-5.
合作单位:上海科技大学、华山医院神经外科
中科普瑞提供平台服务 查看原文 →
神经疾病
IF 12.6
脑血管畸形 · Brain, 2026

NINJ1 低甲基化加重脑动静脉畸形内皮功能障碍

利用 EPIC 935K 甲基化芯片对脑动静脉畸形组织进行全基因组甲基化分析,发现 NINJ1 基因启动子区低甲基化通过上调蛋白表达加重内皮功能障碍,为疾病机制与治疗靶点提供新见解。

技术路线:EPIC 935K (MethylationEPIC v2) 甲基化芯片 + 差异甲基化分析 + 功能验证
原文:Zhu et al. Brain. 2026 May 26:awag189.
合作单位:复旦大学附属华山医院神经外科
中科普瑞提供平台服务 查看原文 →

更多合作成果与文献解读

78篇+合作发表论文,覆盖肿瘤、神经疾病、人群队列、衰老等研究方向

前往文献解读中心
相关智能工具

延伸您的研究能力

配套智能工具,让数据分析更高效

CpG 时舟 · 甲基化年龄计算器

热门工具

一键上传 EPIC 甲基化芯片 idat 数据,自动计算 20+ 种表观遗传时钟年龄(Horvath v1/v2、Hannum、PhenoAge、GrimAge、DunedinPACE 等),生成专业 PDF 分析报告,支持批量样本与自定义分组分析。

20+ 时钟模型 批量样本 PDF 报告
立即使用
常见问题

FAQ

关于 EPIC 甲基化芯片服务,您可能想了解的问题

1. EPIC 935K 和 EPIC 850K(v1.0)有什么区别?
EPIC 935K(MethylationEPIC v2.0)是 EPIC 850K(v1.0)的升级版本,核心差异如下:
对比项 EPIC 850K (v1.0) EPIC 935K (v2.0)
CpG位点总数 ~850,000 ~935,000
新增位点类型 增强子区(130K+)、ENCODE开放染色质、疾病相关位点
与450K重叠率 >90% >90%(与v1.0重叠率约90%)
发布时间 2016年 2022年
升级建议:新项目优先选择 EPIC 935K,信息密度更高、覆盖更全面;如果您有历史 850K 数据需要纵向对比,935K 保留了约 90% 的 v1.0 位点,可满足大多数跨批次联合分析需求。
2. WGBS 和甲基化捕获测序怎么选?
WGBS(全基因组亚硫酸氢盐测序)和甲基化捕获测序都是基于测序的甲基化检测技术,但定位不同:
对比项 WGBS 甲基化捕获测序
覆盖范围 全基因组 ~2800万 CpG 目标区域(如启动子/增强子/CpG岛),3M-8M CpG
单样本成本 高(深度×全基因组) 中(仅捕获区域,深度更高)
测序深度 通常 10-30× 可达 100-500× 目标区域
适用场景 全新发现、绘制全基因组甲基化图谱 关注功能区域的大样本队列、差异区域深验
样本起始量 较高(>1μg) 中等(可支持 200-500ng)
选择建议:如果是首次研究、无预设目标区域,选 WGBS 做全景扫描;如果已有候选区域、或需对大量样本做深度测序(如临床验证、队列研究),甲基化捕获测序性价比更高。
3. 甲基化芯片和 WGBS 怎么选?
两者各有优势,选择取决于研究目的:
EPIC 芯片适合大样本队列研究(几十到上千例)、临床样本验证、生物标志物筛选。优点是成本低、周期短、数据稳定、分析成熟;缺点是仅覆盖约 935K CpG 位点(全基因组 CpG 的 ~3%),无法发现全新的甲基化位点。
WGBS适合发现型研究、绘制全基因组甲基化图谱、研究非 CpG 岛区域。优点是全基因组覆盖(~2800 万 CpG)、单碱基分辨率;缺点是成本高、周期长、分析复杂、样本需求量大。
建议策略:先用芯片做大规模筛选,再用 WGBS 或靶向测序对关键区域进行验证或深入分析。
4. FFPE 样本可以做甲基化芯片吗?
可以的。EPIC 芯片对 FFPE 样本有较好的兼容性,Illumina 官方有专门针对 FFPE 样本的改良实验方案。我们的低起始量 EPIC 方案支持低至 250ng 的 FFPE 来源 DNA 样本。需要注意的是,FFPE 样本的 DNA 质量会直接影响实验成功率,建议使用 1 年以内的石蜡包埋样本,肿瘤细胞含量不低于 20%。送样前我们会先进行样本质量评估。
5. 最低需要多少 DNA 起始量?
标准方案推荐起始量为 500ng-1μg 高质量 DNA。对于微量样本(如 FFPE、cfDNA、穿刺样本),我们提供低起始量方案,最低可至 250ng。如果您的样本量特别稀少,请先联系技术顾问进行可行性评估,我们会根据样本质量给出专业建议。
7. 标准分析包含哪些内容?
标准分析包含:数据质控报告、甲基化水平计算(β值/M值)、差异甲基化位点分析(DMP)、差异甲基化区域分析(DMR)、CpG岛/启动子/基因体注释、GO/KEGG 通路富集分析、多种可视化图表(热图/火山图/散点图/小提琴图等),以及原始数据交付。具体分析内容可根据项目需求微调。
8. 可以只做实验不做分析吗?
可以的。我们支持仅实验服务(含样本质控+芯片实验+原始数据交付),价格会相应优惠。如果您有自己的生信分析团队,只需要原始 idat 文件,这是一个经济实惠的选择。同时我们也提供基础质控报告作为可选加项。
9. 数据交付格式是什么?
我们交付的数据包括:原始 idat 文件(红绿双通道)、归一化后的甲基化矩阵(β值/M值,CSV 格式)、完整的生信分析报告(PDF 或 HTML 格式)、所有分析结果表格(XLSX/CSV 格式)和高质量可视化图(PNG/PDF 格式)。数据通过云盘下载链接交付,支持长期存储。
10. 可以提供原始 idat 文件吗?
是的,我们提供完整的原始 idat 文件交付。idat 是 Illumina 芯片的原始数据格式,可以使用 R 语言的 minfi、ChAMP 等包或其他工具自行进行分析处理。所有项目均默认交付原始 idat 文件,确保您的数据所有权和后续分析的灵活性。
11. 如何寄送样本?
不同样本类型的寄送方式不同:
组织/细胞/cfDNA使用干冰运输,泡沫箱密封,建议使用顺丰冷链或专业生物样本物流。
全血EDTA 抗凝管,冰袋低温运输(48 小时内送达可使用冰袋,超过 48 小时建议干冰)。
FFPE 切片/蜡块常温运输即可,避免高温潮湿。
寄送前请联系我们获取样本编号和送样单,我们也可以上门取样(部分城市)。

准备好启动您的甲基化研究了吗?

专业技术团队 1 对 1 服务,从实验设计到数据交付全流程支持

021-58086128
market@sinomics.com
相关推荐

延伸研究 · 相关推荐

探索相关产品、研究方案与智能工具,加速您的科研进程