转录组研究 单细胞测序 全长转录组

JZGENE SMART-SEQ3
单细胞全长转录组测序服务

基于Smart-seq3xpress技术,结合全长转录组覆盖与5′端UMI绝对定量双维度优势,高灵敏度检测稀有细胞群体,精准解析异构体、可变剪接与等位基因表达。

Smart-seq3 Workflow Full-Length + UMI
m7G 5' UTR UMI Exon 1 Exon 2 Exon 3 3' UTR AAAAA Full-Length Transcript Coverage 5' UMI Absolute Quant Eliminate PCR bias Isoform Resolution Accurate splicing detection SNV SNV & Fusion Genes Allelic expression analysis 10pg Ultra-Low Input Single-cell sensitivity Smart-seq3xpress · 1~96 Cells Flexibility
单碱基分辨率
PyroMark
产品概述

全长转录组 + UMI定量,双维度解析

JZGENE SMART-SEQ3单细胞转录组测序服务采用Smart-seq3xpress技术路线,结合全长转录组覆盖与5′端UMI分子标记双重优势,既能实现基因表达的绝对定量,又能精准解析异构体、可变剪接、SNV和融合基因等转录本层面的结构信息。1~96孔灵活通量,特别适用于稀有细胞群体、循环肿瘤细胞、胚胎发育、神经科学等低起始量研究场景。

服务流程

四步标准化服务流程

从样本接收到结果交付,全流程高效可控

1

细胞分选裂解

FACS/显微操作挑取单细胞

2

逆转录合成

5′端UMI标记 + 全长cDNA合成

3

建库测序

cDNA扩增 + 文库构建 + 测序

4

生信分析

UMI定量 + 异构体/可变剪接分析

服务方案

灵活的服务方案选择

标准方案满足常规需求,定制方案支持位点灵活设计

方案名称 检测内容 适用场景 周期 价格
标准分析
最常用
基因表达定量 + 差异分析 + 细胞分群 常规单细胞转录组研究、细胞类型鉴定 视项目而定 咨询获取
全长进阶分析
特色推荐
异构体分析 + 可变剪接 + UMI绝对定量 转录本结构研究、剪接调控机制探索 视项目而定 咨询获取
深度定制分析
全维度解析
SNV检测 + 等位基因表达 + 融合基因 + 定制分析 肿瘤异质性、疾病突变、精准医学研究 视项目而定 咨询获取

样本要求

样本类型 推荐起始量 最低起始量 运输条件
新鲜组织样本 ≥ 50 mg 新鲜组织 ≥ 10 mg(需活性评估) RNAlater保存,4℃运输 / -80℃冻存
细胞悬液 / PBMC 活率 ≥ 80%,1×10⁶ 细胞 ≥ 100 个活细胞 4℃ 冷链运输(24h内)
已分选单细胞 1~96 个细胞 / 批次 1 个细胞 裂解液 -80℃ 冻存,干冰运输
总RNA ≥ 100 pg 高质量RNA 10 pg total RNA -80℃ 冻存,干冰运输
生信分析

四大生信分析模块

从基因表达到结构变异,全面覆盖单细胞转录组研究各层级分析需求

UMI去重与基因定量

5′端UMI分子标记,绝对定量消除PCR偏差

  • UMI校正与去重,精准计数原始mRNA分子
  • 基因水平表达定量与标准化
  • 样本间相关性与PCA分析
  • 细胞分群与细胞类型注释

差异表达与功能富集

筛选关键基因,揭示生物学过程与通路调控

  • 差异表达基因筛选(DEG)
  • GO功能富集与KEGG通路分析
  • 火山图、热图、富集气泡图
  • 蛋白互作网络(PPI)构建

异构体与可变剪接分析

全长转录组优势,转录本级别分辨率

  • 转录本异构体表达定量
  • 可变剪接事件检测(SE/RI/A3/A5)
  • 差异剪接分析与剪接调控网络
  • 剪接因子与靶基因关联分析

SNV与等位基因表达分析

深入解析基因组变异与等位基因特异性调控

  • 单核苷酸变异(SNV)检测与注释
  • 等位基因特异性表达(ASE)分析
  • 融合基因检测与验证
  • 肿瘤克隆演化与耐药机制研究

* 具体分析内容可根据研究需求灵活调整,详询技术顾问

常见问题

FAQ

关于JZGENE SMART-SEQ3服务,您可能想了解的问题

1. Smart-seq3和Smart-seq2有什么区别?
Smart-seq3在Smart-seq2基础上增加了5′端UMI(唯一分子标识符)标记,可以实现基因表达的绝对定量,消除PCR扩增偏差。同时Smart-seq3保持了全长转录组覆盖的优势,可进行异构体、可变剪接和SNV分析。Smart-seq3xpress进一步优化了实验流程,大幅提升了细胞通量并降低了单位点成本。
2. 样本起始量要求是多少?
单个细胞即可启动实验,最低总RNA起始量为10pg。支持新鲜组织、细胞悬液、PBMC、原代细胞等多种样本类型。建议提供活率80%以上的细胞样本,以获得高质量实验效果。也支持客户已分选的单细胞直接送样。
3. 可以检测可变剪接和融合基因吗?
可以。Smart-seq3技术实现全长转录组覆盖,能够检测异构体水平的基因表达、可变剪接事件、SNV以及基因融合。相比基于3′端计数的液滴式单细胞技术,Smart-seq3在转录本结构变异分析方面具有显著优势,特别适合关注转录本结构变化的研究方向。
4. 一批需要做满96个细胞吗?
不需要。JZGENE SMART-SEQ3服务支持1~96个细胞的灵活通量,可根据实验设计挑选目标细胞进行测序。特别适用于稀有细胞群体、FACS分选后的特定细胞亚群、激光捕获显微切割样本、循环肿瘤细胞(CTC)等细胞数量有限的研究场景。

需要定制化单细胞转录组研究方案?

专业技术团队 1 对 1 服务,从实验设计到生信分析全流程支持

021-58086128
market@sinomics.com
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